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标题:很长的内含子序列前后翻转,怎么解决呀!
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zhou31146001
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很长的内含子序列前后翻转,怎么解决呀!
内含子串联负序列.rar (762.61 KB)

这是500多万个碱基长的字符串,当然这只是一个很短的内含子,还有几千万个、甚至几亿个碱基长的,现在要把内含子序列前后翻转过来,即第一个碱基变成最后一个,第二个变成倒数第二个,第三个变成倒数第三个等;实现完这个过程后好要将碱基字符A换成T,T换成A,C换成G,G换成C。     这是我自己编的程序,但运行有问题,请各位大侠帮忙优化或修改一下,谢谢!!!!
#include"stdio.h"
#include"string.h"
#include"stdlib.h"           
FILE *in,*out;
int main()              
{         
 int i;
 int sum;
 static char str[55000000];
 char zifu;
 in=fopen("F:\\寻找内含子序列\\内含子串联负序列.txt","rb");        //第12行
 out=fopen("F:\\寻找内含子序列\\收获1.txt","wb");     
 while(!feof(in))
 {
 fgets(str,sum+1,in);
 sum=strlen(str);
 for(i=0;i<sum/2;i++)
    {
       zifu=str[i];
       str[i]=str[sum-1-i];
       str[sum-1-i]=str[i];     //第一个与最后一个、第二个与倒数第二个等替换   
    }
   for(i=0;i<sum;i++)
   {
      if(str[i]=='A')
      {
       str[i]='T';
       continue;     //加continue表明完成操作后继续循环,不执行下面的;要加{}否则不管第一个if是否成立执行continue继续循环
      }
      if(str[i]=='T')
      {
       str[i]='A';
       continue;
      }
      if(str[i]=='C')
      {
       str[i]='G';
       continue;
      }
      if(str[i]=='G')
      str[i]='C';
   }
 }
  fputs(str,out);
  fclose(in);
  fclose(out);
}
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2013-07-05 17:48
zhou31146001
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倒着读?用fseek可以吗?
好久没见到您了,最近忙吧!!
2013-07-05 18:50
zhou31146001
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各位帮帮忙,这个对我很有用,我是生物物理专业的,谢谢!!!!!!
2013-07-06 13:40
zhou31146001
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内含子串联负序列.rar (762.61 KB)

我又把文件重新上传了,麻烦您了。
我用sum是用strlen()来统计字符串长度并赋值给sum的。
文件里只有一串内含子,麻烦您了!
2013-07-07 11:59
zhou31146001
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以下是引用zhou31146001在2013-7-7 11:59:19的发言:


我又把文件重新上传了,麻烦您了。
我用sum是用strlen()来统计字符串长度并赋值给sum的。
文件里只有一串内含子,麻烦您了!
内含子串联负序列.rar (696.29 KB)

这个可以下载!
2013-07-07 12:08
zhou31146001
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回复 8楼 beyondyf
非常感谢您,您的程序对我帮助很大,解决了一直困扰我的问题,非常感谢您!!!
2013-07-08 10:26
快速回复:很长的内含子序列前后翻转,怎么解决呀!
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