程序代码：

acgg    2    0.000031
acgc    0    0.000000
acgt    3    0.000046
acca    3    0.000046
accg    2    0.000031
accc    1    0.000015
acct    1    0.000015
acta    1    0.000015
actg    3    0.000046
actc    2    0.000031
actt    0    0.000000
ataa    3    0.000046
atag    4    0.000061
atac    1    0.000015
atat    10    0.000153
atga    4    0.000061
atgg    2    0.000031
atgc    1    0.000015
atgt    5    0.000076
atca    4    0.000061
atcg    10    0.000153
atcc    1    0.000015
atct    0    0.000000
atta    4    0.000061
attg    6    0.000092
attc    7    0.000107
attt    12    0.000183
gaaa    25    0.000381
gaag    4    0.000061
gaac    5    0.000076
gaat    14    0.000214
gaga    3    0.000046
gagg    2    0.000031
gagc    3    0.000046
gagt    3    0.000046
gaca    3    0.000046
gacg    1    0.000015
gacc    0    0.000000
gact    3    0.000046
gata    4    0.000061
gatg    4    0.000061
gatc    1    0.000015
gatt    7    0.000107
ggaa    9    0.000137
ggag    4    0.000061
ggac    1    0.000015
ggat    7    0.000107
ggga    1    0.000015
gggg    1    0.000015
gggc    2    0.000031
gggt    1    0.000015
ggca    1    0.000015
ggcg    4    0.000061
ggcc    2    0.000031
ggct    5    0.000076
ggta    1    0.000015
ggtg    1    0.000015
ggtc    3    0.000046
ggtt    5    0.000076
gcaa    5    0.000076
gcag    2    0.000031
gcac    1    0.000015
gcat    2    0.000031
gcga    3    0.000046
gcgg    0    0.000000
gcgc    6    0.000092
gcgt    3    0.000046
gcca    2    0.000031
gccg    3    0.000046
gccc    1    0.000015
gcct    0    0.000000
gcta    2    0.000031
gctg    2    0.000031
gctc    1    0.000015
gctt    4    0.000061
gtaa    2    0.000031
gtag    5    0.000076
gtac    1    0.000015
gtat    2    0.000031
gtga    5    0.000076
gtgg    2    0.000031
gtgc    1    0.000015
gtgt    5    0.000076
gtca    5    0.000076
gtcg    2    0.000031
gtcc    2    0.000031
gtct    2    0.000031
gtta    2    0.000031
gttg    7    0.000107
gttc    6    0.000092
gttt    7    0.000107
caaa    19    0.000290
caag    6    0.000092
caac    6    0.000092
caat    6    0.000092
caga    17    0.000259
cagg    10    0.000153
cagc    3    0.000046
cagt    6    0.000092
caca    3    0.000046
cacg    3    0.000046
cacc    3    0.000046
cact    3    0.000046
cata    0    0.000000
catg    4    0.000061
catc    7    0.000107
catt    10    0.000153
cgaa    16    0.000244
cgag    3    0.000046
cgac    2    0.000031
cgat    7    0.000107
cgga    5    0.000076
cggg    6    0.000092
cggc    0    0.000000
cggt    2    0.000031
cgca    3    0.000046
cgcg    5    0.000076
cgcc    2    0.000031
cgct    7    0.000107
cgta    3    0.000046
cgtg    7    0.000107
cgtc    3    0.000046
cgtt    5    0.000076
ccaa    11    0.000168
ccag    7    0.000107
ccac    4    0.000061
ccat    3    0.000046
ccga    3    0.000046
ccgg    0    0.000000
ccgc    2    0.000031
ccgt    3    0.000046
ccca    3    0.000046
cccg    6    0.000092
cccc    3    0.000046
ccct    2    0.000031
ccta    2    0.000031
cctg    1    0.000015
cctc    5    0.000076
cctt    6    0.000092
ctaa    7    0.000107
ctag    5    0.000076
ctac    1    0.000015
ctat    5    0.000076
ctga    11    0.000168
ctgg    2    0.000031
ctgc    6    0.000092
ctgt    4    0.000061
ctca    4    0.000061
ctcg    3    0.000046
ctcc    0    0.000000
ctct    4    0.000061
ctta    6    0.000092
cttg    4    0.000061
cttc    5    0.000076
cttt    18    0.000275
taaa    25    0.000381
taag    9    0.000137
taac    4    0.000061
taat    16    0.000244
taga    7    0.000107
tagg    4    0.000061
tagc    2    0.000031
tagt    7    0.000107
taca    3    0.000046
tacg    3    0.000046
tacc    5    0.000076
tact    3    0.000046
tata    8    0.000122
tatg    7    0.000107
tatc    8    0.000122
tatt    6    0.000092
tgaa    22    0.000336
tgag    6    0.000092
tgac    5    0.000076
tgat    6    0.000092
tgga    12    0.000183
tggg    3    0.000046
tggc    7    0.000107
tggt    5    0.000076
tgca    6    0.000092
tgcg    5    0.000076
tgcc    3    0.000046
tgct    5    0.000076
tgta    6    0.000092
tgtg    5    0.000076
tgtc    5    0.000076
tgtt    10    0.000153
tcaa    18    0.000275
tcag    17    0.000259
tcac    7    0.000107
tcat    10    0.000153
tcga    18    0.000275
tcgg    9    0.000137
tcgc    7    0.000107
tcgt    6    0.000092
tcca    8    0.000122
tccg    1    0.000015
tccc    3    0.000046
tcct    6    0.000092
tcta    7    0.000107
tctg    13    0.000198
tctc    5    0.000076
tctt    20    0.000305
ttaa    27    0.000412
ttag    7    0.000107
ttac    5    0.000076
ttat    12    0.000183
ttga    17    0.000259
ttgg    14    0.000214
ttgc    7    0.000107
ttgt    9    0.000137
ttca    17    0.000259
ttcg    21    0.000320
ttcc    9    0.000137
ttct    21    0.000320
ttta    9    0.000137
tttg    24    0.000366
tttc    35    0.000534
tttt    67    0.001022

程序代码：

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>

void dna8_val2str( unsigned long val, char str[8] )
{
     size_t i = 0;
     assert( val < (1ul<<(8*2)) );

    for(i=0; i<4; ++i )
     {
         str[3-i] = "agct"[val%4];
         val >>= 2;
     }
}

int main()
{
     unsigned long words = 0;
     unsigned long numbers[65536] = { 0 };
     int bav = 0;
     unsigned long val = 0;
     int c;
     long pos = 0;
     FILE* fout = NULL;
      int i=0;

    // 处理
     FILE* fin = fopen( "D:\\sequence.txt", "r" );
     if( !fin )
         return 1;
   
     for(;c = fgetc(fin),c!=EOF; )
     {
         putchar(c);
         switch( c )
         {
         case '@': // 遇到@则结束
             break;
         case '\r':
         //case '\n':
             ++words;
             continue;
         case 'a':
         case 'g':
         case 'c':
         case 't':
             val = ((val<<2)&0xFFFF) | (c%36%5);
             if(bav < 4) // 不足8个有效字符时先等等
                 ++bav;
             else
                 ++numbers[val];
             break;
         default: // 出现了agct之外的字符
              pos = ftell(fin)-1;
             if( c>0x20 && c<0xFF ) // 可显示的字符，就显示其本身
                 printf( "--- 0x%08lX处出现非法字符\'%c\'\n", pos, (char)c );
             else // 不可显示的字符，就显示其对应的ASCII值
                 printf( "--- 0x%08lX处出现非法字符0x%02hhX\n", pos, (char)c );
         }
     }
     fclose( fin );

    // 输出
     fout = fopen( "D:\\result.txt", "w" );
     if( !fout )
         return 3;
     for(; i<65536; ++i )
     {
         // if( numbers[i] !=0 )
         {
             char str[4];
             dna8_val2str( i, str );
             fprintf( fout, "%.4s\t%ld\t%f\n", str, numbers[i], numbers[i]/65536.0 );
         }
     }
     fclose( fout );
     printf( "处理完毕\n" );

    return 0;
}