17亿个字符，也就是 1.6G的文件，读完需要很长时间。
而你的程序，速度那么慢，仅几十个字，我一天之内都运行不结束，我怀疑你是怎么搞定17亿个字符的？

帮你再改一个

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <assert.h>

void dna8_val2str( unsigned long val, char str[8] )
{
    assert( val < (1ul<<(8*2)) );

    for( size_t i=0; i<8; ++i )
    {
        str[7-i] = "agct"[val%4];
        val >>= 2;
    }
}

int main()
{
    unsigned long words = 0;
    unsigned long numbers[65536] = { 0 };

    // 处理
    FILE* fin = fopen( "result1.txt", "r" );
    if( !fin )
        return 1;
    int bav = 0;
    unsigned long val = 0;
    for( int c; c=fgetc(fin), c!=EOF; )
    {
        if( c == '@' ) // 遇到@则结束
            break;
        if( c == '\n' )
        {
            ++words;
            continue;
        }

        val = (val<<2)&0xFFFF;
        switch( (char)c )
        {
        case 'a':  val|=0; break;
        case 'g':  val|=1; break;
        case 'c':  val|=2; break;
        case 't':  val|=3; break;
        default: // 出现了agct之外的字符
            fclose( fin );
            return 2;
        }

        if(bav<8)
            ++bav;
        else
            ++numbers[val];
    }
    fclose( fin );

    // 输出
    FILE* fout = fopen( "result2.txt", "w" );
    if( !fout )
        return 3;
    fprintf( fout, "The Number of total words are %ld\n", words );
    fprintf( fout,"The Expect Number words are %f\n", words/65536.0 );
    for( int i=0; i<65536; ++i )
    {
        if( numbers[i] !=0 )
        {
            char str[8];
            dna8_val2str( i, str );
            fprintf( fout, "%.8s\t%ld\t%f\n", str, numbers[i], numbers[i]/65536.0 );
        }
    }
    fclose( fout );

    return 0;
}

测试，result1.txt 内容如下
aaaaaaaaa
aaaaaaaag
aaaaaaaac
@

输出的 result2.txt 内容如下
The Number of total words are 3
The Expect Number words are 0.000046
aaaaaaaa    10    0.000153
aaaaaaag    1    0.000015
aaaaaaac    1    0.000015
aaaaaaga    1    0.000015
aaaaagaa    1    0.000015
aaaagaaa    1    0.000015
aaagaaaa    1    0.000015
aagaaaaa    1    0.000015
agaaaaaa    1    0.000015
gaaaaaaa    1    0.000015

可是，我用你这个代码，运行我的大文件，只输出第一个8长度的字符，而且频数为1，剩下那65535个都没出现。

对啊，我是从网站上下载的那个基因文件，它下载下来就有17亿个字符。我的程序已经运行四天了，还没结果。以前别人做过这个，用这个程序出结果得1周以上。时间太长，所以 我想找人优化一下

首先非常感谢，这位仁兄的无私的奉献。我已经很感谢你了。那个输出结果不是按照，文件1的字符排列顺序输出的。输出结果应当是这样的，本来有65536（4的8次方种组合的结果）个长度为8的字符，你这个结果只给出了11个，剩下那65525个没出现的话，应当也给出来，只不过结果为数字0，但这个结果得有。

你用
aaaaaaaaa
aaaaaaaag
aaaaaaaac
@
作为result1.txt文件内容，且用我给的程序（用12楼给的程序吧），能得出正确结果吗？

如果不能，那就是你的编译器或运行环境有问题，因为我这儿能；如果能，那就是你的“大文件”有古怪，但我怎么获得你的这个“大文件”呢？毕竟有17亿个字符，文件大小有1.6G。

让你看一下，我希望得到的结果。应该是65536个都给出来，如果哪个没出现，后面也给出结果0。有附件

连0都想显示出来，你只要将 if( numbers[i] !=0 ) 这一句删掉就行了呀

给你提供一个文件，你运行一下看看。不是要按照这个文件中字符的顺序输出，而是按照aaaaaaaa、aaaaaaac、aaaaaaag等这个随机排列的顺序输出。我上个提供的结果，就是按照这样结果输出的，虽然提供的文件中第一个8字符不是aaaaaaaa。但是它输出的时候结果是aaaaaaaa 1。

我都听不懂你在说什么了，算了，我放弃，你爱怎么搞怎么搞