#include <stdio.h>
#define N 5
struct student
{char num;
char name[10];
int score[3];
}stu[N];
input(struct student stu[])
{int m,k;
for(m=0;m<N;m++)
{printf("please input scores of student %d:\n",m+1);
   printf("NO.:");
   scanf("%d",&stu[m].num);
   printf("name:");
   scanf("%s",stu[m].name);
    for(k=0;k<3;k++)
     {printf("score %d:",k+1);
      scanf("%d",&stu[m].score[k]);
     }
   }
}
void print(struct student stu[])
{ int i,j;
  for(i=0;i<N;i++)
   {printf("%d,%s",stu[i].num,stu[i].name);
    {for(j=0;j<3;j++)
         printf(" %d ",stu[i].score[j]);}printf("\n");}
  }
main()
{
int i,j;
struct student stu[N];
printf("please input the records:\n");
for(i=0;i<N;i++)     //不需要的循环，你把N赋为2，就输四次，重赋值了一次
input(stu);
print(stu);
getch();
}

额，你第一个程序就出现了这问题，刚开始没发现。。。
#define N 5
struct student
{
char num;
char name[10];
int score[3];
}stu[N];
input(stu[],ilnt n)
{int m;
for(m=0;m<N;m++)
printf("please input scores of student %d:\n",m+1);//你这循环刚开始是不是忘了加大括号，导致结果全是0。。。
printf("NO.:");
scanf("%d",&stu[m].num);
printf("name:");
scanf("%s",stu[m].name);
for(n=0;n<3;n++)
{printf("score %d:",n);
   scanf("%d",&stu[m].score[n]);
  }
}
main()
{
int i,j;
printf("please input the records:\n");
for(i=0;i<N;i++)
input(stu[],N);
for(i=0;i<N;i++)
{printf("%d,%s",stu[i].num,stu[i].name);
{for(j=0;j<3;j++)
printf(" %d ",stu[i].score[j]);}printf("\n");}
getch();
}