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标题:这段程序要怎么改才能运行更快
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zhou31146001
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这段程序要怎么改才能运行更快
for(i=0;i<95000000;i++)                      //以下四行用来判断str中各个三联体出现次数
 for(h=0;h<N;h++)
   if(lead[h].name[0]==str[i]&&lead[h].name[1]==str[i+1]&&lead[h].name[2]==str[i+2]&&lead[h].name[3]==str[i+3]
     &&lead[h].name[4]==str[i+4]&&lead[h].name[5]==str[i+5]&&lead[h].name[6]==str[i+6]&&lead[h].name[7]==str[i+7])
   lead[h].number++;

这个运行的很慢,有没有更好的方法呢,谢谢!!!!!!
2013-03-12 17:45
pauljames
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if里面的东西太多了吧,而且是双重循环

经常不在线不能及时回复短消息,如有c/单片机/运动控制/数据采集等方面的项目难题可加qq1921826084。
2013-03-12 17:57
zhou31146001
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以下是引用pauljames在2013-3-12 17:57:13的发言:

if里面的东西太多了吧,而且是双重循环
如果要达到同样目的,怎么办?
谢谢!!!
2013-03-12 19:18
小xiong
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呵呵。。。
2013-03-12 23:44
peach5460
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for(i=0;i<95000000;i++)  
什么东西呀,这么大

我总觉得授人以鱼不如授人以渔...
可是总有些SB叫嚣着:要么给代码给答案,要么滚蛋...
虽然我知道不要跟SB一般见识,但是我真的没修炼到宠辱不惊...
2013-03-13 08:34
rjsp
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if 可以改为 if( memcmp(lead[h].name,str+i,7) == 0 ),但未必运行更快
如果你的CPU不要求地址对齐的话,可以用 if( *(uint64_t*)(lead[h].name) == *(uint64_t*)(str+i) )

当然,以上只优化了if,那两个双重循环没有优化,因为根本不懂你想干什么。
看起来你在搞什么DNA测序,说出你的需求吧,我帮你写
(注意,别说得不清不楚的,否则我没有再理你的兴趣)
2013-03-13 08:45
rjsp
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程序代码:
#include <stdio.h>

int main()
{
    unsigned long octamer_count[65536] = { 0 };

    ////// 1 //////
    {
        FILE* file = fopen( "result22.txt", "rb" );
        if( !file )
        {
            puts( "cannot open the input file.");
            return 1;
        }
        {
            unsigned long octamer;
            unsigned long octamer_n = 0;
            char c;
            for( ; fread(&c,1,1,file)==1; )
            {
                switch( c )
                {
                    case 'A':
                        octamer = (octamer*4+0)%65536; ++octamer_n; break;
                    case 'T':
                        octamer = (octamer*4+1)%65536; ++octamer_n; break;
                    case 'C':
                        octamer = (octamer*4+2)%65536; ++octamer_n; break;
                    case 'G':
                        octamer = (octamer*4+3)%65536; ++octamer_n; break;
                    case '\r':
                    case '\n':
                        continue;
                    default:
                        puts( "Fuck" );
                    case 'N':
                        octamer_n = 0;
                        continue;
                }
                if( octamer_n < 8 )
                    continue;
                octamer_n = 8;

                ++octamer_count[octamer];
            }
        }
        fclose( file );
    }

    ////// 2 //////
    {
        FILE* fileout = fopen( "result22_ouput.txt", "wt" );
        if( !fileout )
        {
            puts( "cannot open the output file.");
            return 2;
        }
        {
            unsigned int i, j;
            for( i=0; i<sizeof(octamer_count)/sizeof(octamer_count[0]); ++i )
            {
                if( octamer_count[i] == 0 )
                    continue;
                for( j=65536/4; j!=0; j/=4 )
                    fprintf( fileout, "%c", "ATCG"[i/j%4] );
                fprintf( fileout, " %u\n", octamer_count[i] );
            }
        }
        fclose( fileout );
    }

    return 0;
}
2013-03-13 10:12
小菜B
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你还不如把题目说出来,你写的别人很难看懂的
2013-03-13 10:23
peach5460
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以下是引用小菜B在2013-3-13 10:23:16的发言:

你还不如把题目说出来,你写的别人很难看懂的

对呀
完全不明白你的需求
如果你的for那95000000一定要循环这么多次
神仙来了也救不了你

我总觉得授人以鱼不如授人以渔...
可是总有些SB叫嚣着:要么给代码给答案,要么滚蛋...
虽然我知道不要跟SB一般见识,但是我真的没修炼到宠辱不惊...
2013-03-13 10:27
zhou31146001
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以下是引用rjsp在2013-3-13 10:12:29的发言:

#include  
 
int main()
{
    unsigned long octamer_count[65536] = { 0 };
 
    ////// 1 //////
    {
        FILE* file = fopen( "result22.txt", "rb" );
        if( !file )
        {
            puts( "cannot open the input file.");
            return 1;
        }
        {
            unsigned long octamer;
            unsigned long octamer_n = 0;
            char c;
            for( ; fread(&c,1,1,file)==1; )
            {
                switch( c )
                {
                    case 'A':
                        octamer = (octamer*4+0)%65536; ++octamer_n; break;
                    case 'T':
                        octamer = (octamer*4+1)%65536; ++octamer_n; break;
                    case 'C':
                        octamer = (octamer*4+2)%65536; ++octamer_n; break;
                    case 'G':
                        octamer = (octamer*4+3)%65536; ++octamer_n; break;
                    case '\r':
                    case '\n':
                        continue;
                    default:
                        puts( "Fuck" );
                    case 'N':
                        octamer_n = 0;
                        continue;
                }
                if( octamer_n < 8 )
                    continue;
                octamer_n = 8;
 
                ++octamer_count[octamer];
            }
        }
        fclose( file );
    }
 
    ////// 2 //////
    {
        FILE* fileout = fopen( "result22_ouput.txt", "wt" );
        if( !fileout )
        {
            puts( "cannot open the output file.");
            return 2;
        }
        {
            unsigned int i, j;
            for( i=0; i

您好    您编的程序比我的那个强很多,我只是有个小疑问,因为正常结果应该是4的8次幂,也就是65536组对应数据,您的输出是65608个,多了72个,我刚才检查了一下,没看出来,望您再看看,是怎么回事!!!谢谢!!
2013-03-13 11:10
快速回复:这段程序要怎么改才能运行更快
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