struct MY_DATE{
 int year;
 int month;
 int day;
};typedef struct MY_DATE date;
struct STUDENT{
char name[20];

//int number[11];
char number[11];
char sex;
date brithday;
};
typedef struct STUDENT STU;
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>

int main()
{
 STU s1;
 printf("请输入该学生的信息：\n");
 printf("请输入该学生的姓名：");
 gets(s1.name);
 printf("请输入该学生的学号：");
 fflush(stdin);
 //scanf("%d",&s1.number);
 gets(s1.number);
 printf("请输入该学生的性别：（M or W）");
 fflush(stdin);
 scanf("%c",&s1.sex);
 printf("请输入该学生的出生日期：（1993.03.02）");
 fflush(stdin);
 scanf("%d,%d,%d",&s1.brithday.year,&s1.brithday.month,&s1.brithday.day);
 printf("该学生的姓名是：%s\n",s1.name);
 //printf("该学生的学号是：%d\n",s1.number);
 printf("该学生的学号是：%s\n",s1.number);
 printf("该学生的性别是：%c\n",s1.sex);
 //printf("该学生的出生日期是：%d,%d,%d,%d",s1.brithday.year,s1.brithday.month,s1.brithday.date);
printf("该学生的出生日期是：%d,%d,%d",s1.brithday.year,s1.brithday.month,s1.brithday.day);
}




//这个编译连接都通过了，但是在输出出生日期的后面两个总是负数，怎么解。求帮助啊，求帮助。

scanf("%d.%d.%d",&s1.brithday.year,&s1.brithday.month,&s1.brithday.day);
//楼主自己规定用‘.’分割的，读取时却用‘,’分割。。。

scanf("%d.%d.%d",&s1.brithday.year,&s1.brithday.month,&s1.brithday.day); //分隔符用错了

不对啊，我在VC里面是用逗号分割的啊。

我写的时候是逗号啊，而且半角圆角也分清楚了，怎么到了你们那里变成一个点了。。。

int main()
{
    return 0;//懂什么叫做返回值么？？？？？？？？？
}

仔细看你scanf里面怎么写的，输入与scanf一致就行