#include<iostream>
#include<string>
using namespace std;

int main()
{   
    void JiaMi(char ZhiHuan[]);                                 //加密函数
    void setZhiHuan(char ZhiHuan[]);      //设置置换表函数
    char ZhiHuanBiao['z'+1];                                //正向置换表，加密时用                                             
    setZhiHuan(ZhiHuanBiao);
    JiaMi(ZhiHuanBiao);                                                        //设置置换表
    return 0;
}

void JiaMi(char ZhiHuan[])                                 //加密
{  
    string MingWen;                                        //保存明文
    cout<<endl<<"请输入明文：";
    getline(cin,MingWen);                                   //读入明文
    cout<<MingWen<<endl;        
    cout<<"加密后的密文为："<<endl;
    for(int i=0; i<MingWen.length(); i++)                  //直接利用置换表输出密文
    {
        if(MingWen[i]>='a' && MingWen[i]<='z')
            cout<<ZhiHuan[ MingWen[i] ];
        else cout<<MingWen[i];
    }
}


void setZhiHuan(char ZhiHuanBiao[])
{
    int i;                                               //i和j是循环变量，除此之外没有任何意义
    char j;
    string s;                                            //密钥
    cout<<"请输入密钥:";
    cin>>s;
    cout<<s<<endl;                                       //输出密钥
    cout<<"置换表为："<<endl;
    string s1;               
    for(i = 0 ; i < s.length();i++)                      //对密钥进行处理（去掉空格和重复的字符）
    {
        bool sign =0;                                    //标志变量
        if(s[i] >= 'a' && s[i] <='z')
        {
            for(int j = 0; j < s1.length();j++)
            {
                if(s[i] == s1[j])
                {
                    sign = 1;
                    break;
                }
            }
            if(sign == 0) s1 = s1 + s[i];
            else sign = 0;
        }
    }
    for( j ='a';j<='z';j++)cout<<j<<" ";cout<<endl;    //输出小写字母 从a到z   
    char ch='a';
    for( i = 'a' ;i <= 'z'; i++)                      //该循环利用密钥得到置换表
    {
        if(i < 'a' + s1.length())                     //前面直接用s1代替
        {
            ZhiHuanBiao[i] = s1[i-'a'];        
        }
        else                                          //后面将剩下的"贴"上去
        {
            
            for(int j = 'a'; j < 'a' + s1.length(); j++)
            {
                if(ch == ZhiHuanBiao[j])
                {
                    ch++;
                    j= 'a';                           //每次都从头开始搜索
                    continue;
                }
            }
            ZhiHuanBiao[i] = ch;
            ch++;
        }
        cout<<ZhiHuanBiao[i]<<" ";                    //同时输出置换表
    }
    cout<<endl;
}

cout<<endl<<"请输入明文：";

    cin.ignore();
    getline(cin,MingWen);

Thank you !!不过，加上之后是可以运行了，但密钥中间不能有空格了？？why?

用getline取密钥呀。getline默认是以回车为结束符，可以允许中间带空格的输入。
cin >> str;只能得到空格前的字符串。

太感激了！！就是密钥输入后要按两次回车才出现置换表，明文也是按两次才能输出密文。why？？

你编译器问题，估计你用的是VC6，大概会出现这个二次回车的问题。
如果用cin.getline的话，就不会出现这个问题，但失去了使用string的灵活性。

厉害厉害~~我终于可以把这份作业交了！
Thank you!!

学习了。