错在哪里呢？

void input_data(int N,FILE *f1)
{
    int a;
    struct student x[100];
    for(a=0;a<N;a++)
    {
        scanf("%s%s%f%f%f",x[a].num,x[a].name,&x[a].chi,&x[a].mat,&x[a].eng);
        x[a].tot=x[a].chi+x[a].mat+x[a].eng;
        fwrite(&x[a],sizeof(struct student),1,stdout);
    }
    fclose(f1);
}

我看出你的错误大致如下：（只是看出来，没调试）
1， fwrite(&x[a],sizeof(struct student),1,stdout);这句中stdout应该改为fp1，因为你是把数组中的内容写入到fp1所指的文件中去的。
2，最好把这句 scanf("%s%s%f%f%f",x[a].num,x[a].name,&x[a].chi,&x[a].mat,&x[a].eng);中"%s%s%f%f%f"每个%s或%d之间加个分号，那样好点，不容易出错，要不然你输入的字符串和数字之间没有分隔符，电脑无法分辨你那个是字符串那个是数字。

void input_data(int N,FILE *f1)
{
    int a;
    struct student x[100];
    for(a=0;a<N;a++)
    {
        scanf("%s%s%f%f%f",x[a].num,x[a].name,&x[a].chi,&x[a].mat,&x[a].eng);//输入语句可能出错，建议分开输入，然后分步看看是否正确录入了。因为这样输入有可能把分隔符当字符给接收了。
        x[a].tot=x[a].chi+x[a].mat+x[a].eng;
        fwrite(&x[a],sizeof(struct student),1,stdout);
    }
    fclose(f1);
}