利用c++分析生物信息学数据疑问
各位网友,想请问是否有任何关于如何利用c++进行生物信息学分析的书刊或工具或网站,可以介绍吗?我之前有学过perl和awk...
现在想试着学习利用c++,来进行数据分析...
多谢各位网友的分享和指导
我主要感兴趣的是如何利用c++来读取一个挡案内的数据后,并加以分析和处理...
回复 2楼 lz1091914999
谢谢你的分享 :)请问你对c++或生物信息学,都很了解的?
2011-06-30 10:42
2011-06-30 15:58
程序代码：
目的: 读取input_file内的数据后,计算共有多少个A,C,G,T(">"的内容,无需计算)
input_file
>header_1
ACGTGAGAGATAGAGC
>header_2
AGATGAGATGAGAGATAGA
35
awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file
35
2011-07-01 11:06
程序代码：
目的: 读取input_file内的数据后,计算共有多少个A,C,G,T(">"的内容,无需计算)
[home@cpp]cat input_file.txt
>header_1
ACGTGAGAGATAGAGC
>header_2
AGATGAGATGAGAGATAGA
35
程序代码：
[home@cpp]awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file.txt > output_file.txt
[home@cpp]cat output_file.txt
35
2011-07-01 11:09
程序代码：
目的: 读取input_file内的数据后,计算共有多少个A,C,G,T(">"的内容,无需计算)
[home@cpp]cat input_file.txt
>header_1
ACGTGAGAGATAGAGC
>header_2
AGATGAGATGAGAGATAGA
35
程序代码：
[home@cpp]awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file.txt > output_file.txt
[home@cpp]cat output_file.txt
35
2011-07-01 11:10
2011-07-01 12:00
程序代码：[home@cpp]cat input_file.txt >header_1 ACGTGAGAGATAGAGC >header_2 AGATGAGATGAGAGATAGA . .
程序代码：
[home@cpp]awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file.txt > output_file.txt
[home@cpp]cat output_file.txt
35
2011-07-01 17:20
程序代码：[home@cpp]cat input_file.txt >header_1 ACGTGAGAGATAGAGC >header_2 AGATGAGATGAGAGATAGA . .
程序代码：
[home@cpp]awk '$0!~">"{total += length($1)}END{print total}' input_file.txt > output_file.txt
[home@cpp]cat output_file.txt
35
2011-07-01 17:27
2011-07-01 21:49
2011-07-02 07:11