我原本想在Win 2000 Pro的系统上升级到Server版。在安装程序完成磁盘检查后我把安装光盘取出再重启。结果在自检后提示选择Windows 2000 Pro 或Windows 2000Server安装程序。求助如何删除Windows 2000 Server安装程序。谢谢。

看一看 C:/boot.ini 这个文件....

找不到啊，有一个“$WIN_NT$.~BT”文件夹及“$LDR$”文件是否与此有关？

boot.ini 找是找不到的。。。你直接在地址栏输入就能打开了。。。
“$WIN_NT$.~BT”文件夹及“$LDR$” 不知道什么东西。。。你自己确认一下。

打开后有如下信息
[Boot Loader]
Timeout=0
Default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[Operating Systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
C:\$WIN_NT$.~BT\BOOTSECT.DAT="Microsoft Windows 2000 Server 安装程序"
该如何修改？
Timeout=0和
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
选项是我在“我的电脑/属性/高级/启动和故障恢复”中重新设定的。

用重新设定的就可以了...

格式化~~~~~~~~~  

格式化是行不通的,只保留一个系统啊

重新安装,它会自动地覆盖了的.

format