肯定是参数不符，a[10][10]与b[3][4]是不同的数据，考虑一下前面两个数组，a[2][2]和b[2][2]在各自数组中的位置是否一样，肯定不同，函数调用与函数定义参数应一致，所以只能使用同型数组。

int a[3][4],b[4][3];

void input(int m,int n,int a[10][10])//输入矩阵
void output(int m,int n,int a[10][10]) //输出矩阵

    input(3,4,a);
    output(3,4,a);
    input(4,3,b);
    output(4,3,b);

类型定义和你传的实际不相符，不是编译没有错误，如果你把报警级别调到最高肯定会出警告或报错的。
建议你这时用是统一用大一点的数组，比如你说的定义为int a[10][10],b[10][10];
比较好的办法是用指针，二维指针，如果你指针不大会用，那还是定义大点的数组把，确实是这个问题的一个解决办法。