void Output(struct Student *head1)
{
   
    struct Student *p3;
    p3=head1;
    FILE*fp;
    int n;
    char filename[20];
    printf("\n请输入打开文件名：\n");
    gets(filename);
    printf("\n您想查询第几个学生的信息：\n");
    scanf("%d",&n);
    getchar();
    fp=fopen(filename,"rb");
    fseek(fp,(long)(n*Len),0);
    fread(p3,Len,1,fp);
    fclose(fp);
    printf("\n学号、姓名、专业（computer、software、network）、班级（1、2）、三门课的成绩（0、1、2））：\t");
    while(p3!=NULL)
        {
            printf("%s%s%s%d%d%d%d",p3->num,p3->name,p3->major,p3->classNo,p3->score[0],p3->score[1],p3->score[2]);
            p3=p3->next;
        }
}
莫名地结束

不要这样好不好，大神们来拯救我啊

作为常识，链表是内存数据结构，不能整体存盘。
存就只能存数据，总不能连next指针都存到文件里。
切记，指针就是个内存地址，离开内存它就没有意义了。----想想你企图在广州的大街上找到长安街天安门的感觉。
所以你的代码基本需要推倒重来。

提示：读取存放链表内容的文件是一个从头开始重新建立链表的过程。