public class hello {
    public static void main(String args[]){
        int a=9,b=7,c=5,t;
        if(a>b)
        {
            t=a;
            a=b;
            b=t;
        }
        if(a>c)
        {
            t=a;
            a=b;
            b=t;
        }
        if(b>c)
        {
            t=b;
            b=c;
            c=t;
        }
        System.out.println("a="+a+",b="+b+",c="+c);
    }

}

新人，鼓勵一下。

这样啊，你第一次或者写的比较少的时候，尽量把每一步操作的值都给打印出来，这样你就可以看出问题出在哪里了
还有基础一定要扎实些，像这类型的问题，自己可以先想想问题出在哪里，打印每一步值，如果还是不懂，想想是不是变量问题，你的变量首先是int型的。int型比大小要注意数值大小问题，因为这类型值是有界限的，超了就不对了，再者这个是类变量。类变量的作用域调用方法，方法体内变量等，使用注意，等等都要了解。
建议：
格式问题：定义这类型的类变量，最好是分开定义。
变量初始化：由于是基本类型可以不用付初始值，但是其他类型以后还要记得赋值。
逻辑问题：以后写代码实现之前，最好将逻辑都搞清楚，你要实现什么功能，什么判断循环逻辑，你这个明显是自己没有想好乱写的
问题回答：
你的循环很简单，你一个一个打印出来看就可以了，也可以不打印，就看看吧，你第一个判断将值换了下，a=7 b=9 ，第二个判断自己看吧，反正就是你的逻辑有问题代码是没有错的，是你路子错了，你要知道你变量定义在这个方法体内。他的值是作用于这个方法体，所以你第二个判断的时候，a=7.

要不然你就干脆用三元表达式来实现吧（别把a,b,c的值换来换去的了）：
public class hello {
    public static void main(String args[]){
        int a=9,b=7,c=5;
        System.out.println(
           "a=" + ((a <= b && a <= c) ? a : ((b <= a && b <= c) ? b : (c <= a && c <= b) ? c : 0)) +
          ",b=" + ((a <= b && a >= c) ? a : ((b <= a && b >= c) ? b : (c <= a && c >= b) ? c : 0)) +
          ",c=" + ((a >= b && a >= c) ? a : ((b >= a && b >= c) ? b : (c >= a && c >= b) ? c : 0))
        );
    }
}

这还只是三个变量要是三十个，三百个，三千个你怎么排？
那要写多少代码，数组会用就用数组，排序哪有这样的

不是一般方法，具体问题具体对待。排序的变量多了，可以使用其他数据结构和排序算法。

变量不多，逻辑思维比较厉害的话，搞几个三目运算符。