#include"stdio.h"
#include"stdlib.h"           
FILE *in,*out;
void main()              
{         
 int i=0,sum;
 static char zifu,str[55000000];
 in=fopen("F:\\寻找内含子序列\\内含子串联负序列.txt","rt");        //第12行
 out=fopen("F:\\寻找内含子序列\\收获1.txt","wt");     
 while(!feof(in))
 {
   str[i]=fgetc(in);
   i++;
 }
 for(i=0;i<SUM 2;i++)
    {
       zifu=str[i];
       str[i]=str[sum-1-i];
       str[sum-1-i]=str[i];     //第一个与最后一个、第二个与倒数第二个等替换   
    }
  for(i=0;i<SUM;I++)
   {
      if(str[i]=='A')
      {
       str[i]='T';
       continue;     //加continue表明完成操作后继续循环，不执行下面的；要加{}否则不管第一个if是否成立执行continue继续循环
      }
      if(str[i]=='T')
      {
       str[i]='A';
       continue;
      }
      if(str[i]=='C')
      {
       str[i]='G';
       continue;
      }
      if(str[i]=='G')
      str[i]='C';
   }
    sum=i;
  for(i=0;i<SUM;I++)
  fputc(str[i],out);
  fclose(in);
  fclose(out);

}

 上面的程序用来把文件中2813952个碱基长的字符串前后翻转一下，即第一个成最后一个，最后一个成第一个等，翻转过来之后，在对所有字符进行A换成T、T换成A、C换成G、G换成C的操作。
但现在程序运行不畅，总有小问题，同时运行很慢

这么小的文件，一次就可以读进内存，连分组处理都不需要

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <assert.h>

int main()
{
    char* p = NULL; // 存储文件内容
    long len = 0L; // 文件长度
    {
        FILE* fi = fopen( "内含子串联负序列.txt", "rb" );
        if( !fi )
        {
            printf( "%s\n", "[ERROR] 文件读取失败." );
            return 1;
        }

        // 获取文件长度
        fseek( fi, 0L, SEEK_END );
        len = ftell( fi );
        fseek( fi, 0L, SEEK_SET );

        // 分配需要的内存
        p = malloc( len );
        if( !p )
        {
            printf( "%s\n", "[ERROR] 内存分配失败." );
            fclose(fi);
            return 2;
        }

        // 读取文件内容
        fread( p, 1, len, fi );
        fclose(fi);
    }

    // 处理
    {
        FILE* fo = fopen( "收获1.txt", "wb" );
        if( !fo )
        {
            printf( "%s\n", "[ERROR] 文件创建失败." );
            free( p );
            return 3;
        }

        for( long i=0; i<len; ++i )
        {
            // A换成T、T换成A、C换成G、G换成C
            char c  = p[len-i-1];
            switch( c )
            {
            case 'A': c='T'; break;
            case 'C': c='G'; break;
            case 'G': c='C'; break;
            case 'T': c='A'; break;
            default:
                printf( "%s\n", "[ERROR] 操蛋呀，既然有ACGT之外的字符." );
            }

            fputc( c, fo );
        }

        fclose(fo);
    }

    free( p );

    return 0;
}

您好，首先谢谢您的帮助！另外想问一下，运行后出现了下述错误提示，我尝试改了改，总不对，所以又要麻烦您了，谢谢！！！
error C2440: '=' : cannot convert from 'void *' to 'char *'
        Conversion from 'void*' to pointer to non-'void' requires an explicit cast
执行 cl.exe 时出错.

还有，这个程序在字符串长度为几千万甚至几亿时能运行吗？另外字符串的前后翻转是那部分完成的呀，是那三个fseek吗？
谢谢！！！

不好意思，忘了说明字符串中还有N字符，当然这个字符只需要按位置前后翻转就行了，它不用再进行A换成T的那种转换。
谢谢！！

这说明，你用的不是C语言
在C语言标准中，void* 可隐式转化为 任何类型指针
下次，你在『C语言论坛』中要的却不是『C语言代码』，你应该明确的说出来，否则鬼才能知道

你好，我使用vc6.0运行的程序，这个是适合C语言的吧！如果像您说的那样，应该怎么改呀？非常谢谢！！！

你好，大侠，我写的那个程序，即一楼的那个程序是用C写的，另外我又写了一个，作用跟那个是一样的，有些地方也不完善，请您指教！！
#include"stdio.h"
#include"stdlib.h"           
FILE *in,*out;
int main()              
{         
 long int i,sum=52248967;
 static char str[55000000];
 char zifu;
 in=fopen("F:\\寻找内含子序列\\内含子串联负序列.txt","rb");        //第12行
 out=fopen("F:\\寻找内含子序列\\收获1.txt","wb");     
 fgets(str,sum+1,in);
 for(i=0;i<sum/2;i++)
    {
       zifu=str[i];
       str[i]=str[sum-1-i];
       str[sum-1-i]=str[i];     //第一个与最后一个、第二个与倒数第二个等替换   
    }
   for(i=0;i<sum;i++)
   {
      if(str[i]=='A')
      {
       str[i]='T';
       continue;     //加continue表明完成操作后继续循环，不执行下面的；要加{}否则不管第一个if是否成立执行continue继续循环
      }
      if(str[i]=='T')
      {
       str[i]='A';
       continue;
      }
      if(str[i]=='C')
      {
       str[i]='G';
       continue;
      }
      if(str[i]=='G')
      str[i]='C';
   }
  fputs(str,out);
  fclose(in);
  fclose(out);
}