GCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCT
AAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGC
CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA
GCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCT
AAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGC
CTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAA
GCCTAAGCCTAAAAAATTGAGATAAGAAAACATTTTACTTTTTCAAAATTGTTTTCATGCTAAATTCAAA
ACGTTTTTTTTTTAGTGAAGCTTCTAGATATTTGGCGGGTACCTCTAATTTTGCCTGCCTGCCAACCTAT
ATGCTCCTGTGTTTAGGCCTAATACTAAGCCTAAGCCTAAGCCTAATACTAAGCCTAAGCCTAAGACTAA
GCCTAATACTAAGCCTAAGCCTAAGACTAAGCCTAAGACTAAGCCTAAGACTAAGCCTAATACTAAGCCT
AAGCCTAAGACTAAGCCTAAGCCTAATACTAAGCCTAAGCCTAAGACTAAGCCTAATACTAAGCCTAAGC
CTAAGACTAAGCCTAAGACTAAGCCTAAGACTAAGCCTAATACTAAGCCTAAGCCTAAGACTAAGCCTAA
GCCTAAAAGAATATGGTAGCTACAGAAACGGTAGTACACTCTTCTGAAAATACAAAAAATTTGCAATTTT
...............
...............
已知上面的极长字符串，余下用省略号代替（这是一条染色体序列，存在文档中）

还已序列中CDS序列的起始位点与终止位点，（在上面的文件中），
先要求编程取出所有起始位点与终止位点之间的基因序列，并存在文档中，请高手帮忙，该怎么做！！！！！

当然，我自己编了一个，但运行不对，如下
#include"stdio.h"
#include"stdlib.h"
FILE *fp,*str,*start,*end;
void Out(int a, int b)
{
    char zifu;
    fseek(fp, a-1, 0);
    while (a++ <= b)   
    {
    zifu=fgetc(fp);
    fprintf(str,"%c",zifu);
    }
}
void main()
{
    int i,st[10],en[10];
    fp=fopen("E:\\测试文件1\\result.txt", "r");
    str=fopen("E:\\测试文件1\\结果.txt","w");
    start=fopen("E:\\测试文件1\\start.txt","r");
    end=fopen("E:\\测试文件1\\end.txt","r");
    while(!feof(start))
        for(i=0;i<10;i++)
        st[i]=fgetc(start);
    while(!feof(end))
        for(i=0;i<10;i++)
        en[i]=fgetc(end);
    for(i=0;i<10;i++)
    Out(st[i],en[i]);
    fclose(fp);
}

求救求救！！！

你的起始和终止的定义是什么？可以用perl的正则表达式来提取吧

数据量有点大