#include <stdio.h>
main(void)
{
    int i,j,x,y,p=-1,q=-1,r=-1;
    char a[]="sjda43hjg5773783jbsagojuio44680357G902GJDSJS08979//,,,tggg.,.,./\=-09!@@#$%^&*()_+_)(*&^%$##@!UHUDGSUIGIU";
    j=sizeof(a);
    char b[j],c[j],d[j];
    for(i=0;i<=j;i++)
    {
        if(a[i]>='0'&&a[i]<='9') b[p++]=a[i];
        else if(a[i]>='A'&&a[i]<='Z'||a[i]>='a'&&a[i]<='z')    c[q++]=a[i];
        else if(1) d[r++]=a[i];
    }
    printf("%s\n%s\n%s\n",b,c,d);
}

有很多问题，我给你列举几个：
1.字符串赋值里面%和\等需要转义成%%和\\
2.不能用变量来定义数组维度，需要使用常量

#include <stdio.h>
void main(void)
{
    int i,j,x,y,p=0,q=0,r=0;
     char b[100],c[100],d[100];
   char a[]="//,,,.,.,./\=-09!@@#$%^&*()_+_)(*&^%$##@!";
    j=sizeof(a);
    for(i=0;i<=j;i++)
    {
        if(a[i]>='0'&&a[i]<='9') b[p++]=a[i];
        else if(a[i]>='A'&&a[i]<='Z'||a[i]>='a'&&a[i]<='z')    c[q++]=a[i];
        else if(1) d[r++]=a[i];
    }
    b[p]='\0';
    c[q]='\0';
    d[r]='\0';
    printf("%s\n%s\n%s\n",b,c,d);
} //有几点需要说明的是1,楼上说的第一个个问题.\,%等特殊符号要用特殊的方法.2.vc6.0等个别编译器不支持C99标准.所以你j=sizeof(a);
    char b[j],c[j],d[j];这样定义是错误的.