现在有400万条基因轮换，每个轮换只有a,t,c,g 字符，每个轮换都是36位。
如   
ctgttcctgagatggagcgctgttcctgagatggag
ctgagatggagcgctgttcctgagatggagcgctgt  
ctgttcctgagatggagcgctgttcctgagatggag  
ctgagatggagcgctgttcctgagatggagcgctgt
aatttttttttttttttttttttttttttttttttt
aaaatgcctttcatgtgcatctctttcatgtgcatc  
aaatgcctttcatgtgcatctctttcatgtgcatct  
aatgcctttcatgtgcatctctttcatgtgcatctc  

等等

请大家给点建议。

.

怎么排序？

头大，求正解。
还有问题清楚些。。。

把排序的规则说一下

用归并排序就好，数据量也不大

就是普通的字符串排序呀
atcg
tacg
gcat

结果是
atcg
gcat
tacg

就用归并排序就好

可是这里都是长字符串呀。
用归并排序大概会用多少时间？

没多长时间。复杂度 O(n*log(n))
直接调用 c 标准库里的 qsort() 就可以了