文件1 :　GO : /ifs1/RD/wuboxin/methyPipe/bisulfite/tDMR/GOenrich/database/go.class  
format:
EG:
cellular_component cell GO:0000015 phosphopyruvate hydratase complex
cellular_component cell GO:0000108 repairosome
cellular_component cell GO:0000109 nucleotide-excision repair complex
<一级功能> <二级功能> <GO号> <三级功能>
每一个GO号对应一个三级功能.
 
文件２　：NM : /ifs1/RD/wuboxin/methyPipe/bisulfite/tDMR/GOenrich/database/genome.go  
format :  
Eg:
NM_000014 molecular_function:binding:interleukin-8 binding molecular_function:binding:tumor necrosis factor binding ....
<基因ID> <一级功能:二级功能:三级功能> <一级功能:二级功能:三级功能> .......
一个NM号对应多个三级功能.
 
以上两个文件中的"三级功能"是相同的.(有些可能没有交插,可忽略,如: 在NM_1中有一个三级功能在GO中找不到,则忽略掉它.)
将上面两个文件利用"三级功能"进行相互注释, 即生成两个如下的文件:
1, GO:NM
format :
GO:0000015 NM_000014 NM_000015 NM_000016 ......................   
GO:0000016 NM_000014 NM_000015 NM_000017   
 
2,NM:GO
fomat:
NM_000014 GO:0000015 GO:0000016