我们生产线打填写及时的产量及所用时间，然后由电脑操作人员输入EXCEL表格中，请问有什么软件能直接把扫描成PDF的文档转换成EXCEL文件吗？（注：手功输入的数字能正确的转换过来吗？）

恐怕不容易！没听说过。

可以尝试下OCR软件，如果汉王、方正出的那些。
不过即使有，效果也不会很好(个人感觉)，如果是手写数据的话，不如找个电脑操作熟练的人快速录入准确率高一些。