要怎么处理

没有配置好服务器吧?

我装的是WIN2003,自动带FRAMEWORK,装IIS6.0,后面的不知道要怎么设了.

我还没有看，不过我想你这一定是先安装了Framework后安装IIS,所以.NET无法在机器中注册。
按错误提示在2003命令控制台注册试试。
有的程序员说可以用参数i（aspnet_regiis.exe -i），具体你看看帮助吧，都是汉语的写的还挺明白。
我曾经弄好过一次，都很久以前的事情了。