void qunban() //按班级查询
{
    struct student
    {
        char name[20];
        char num[12];
        float score;
        int banji;
    }stu[1000];
    struct studbanji
    {
        char name[20];
        char num[12];
        float score;
        int banji;
    }stubj[1000];
    FILE *fp;
    int i=0,k=0,j,pd,sbanji;
    float t;
    char str1[20],str2[12];
    do
    {
        printf("----------------------------\n");
        printf("请输入所查询的班级：\n"); scanf("%d",&sbanji);
    if((fp=fopen("stud_score.dat","rb"))==NULL)
        {    printf("不能打开文件\n");
             exit(0);         }
    printf("----------------------------\n");
    printf("姓名 学号 成绩  班级\n");
    do
        {    fread(&stu[i],sizeof(struct student),1,fp);
             if(sbanji==stu[i].banji)
             {
                 strcpy(stubj[k].name,stu[k].name);
                 strcpy(stubj[k].num,stu[k].num);
                 stubj[k].score==stu[k].score;
                 k++;
             }
             i++;
        }while(!feof(fp));
        fclose(fp);
        for(i=0;i<k;i++)
            for(j=0;j<k-i;j++)
        {
            if(stubj[j].score<stubj[j+1].score)
            {
                strcpy(str1,stubj[j+1].name); strcpy(stubj[j+1].name,stubj[j].name);
                strcpy(stubj[j].name,str1);
                strcpy(str2,stubj[j+1].num); strcpy(stubj[j+1].num,stubj[j].num);
                strcpy(stubj[j].num,str2);
                t=stubj[j+1].score; stubj[j+1].score==stubj[j].score; stubj[j].score=t;
            }
        }
        for(i=0;i<k;i++)
            printf("%s  %s  %.1f   %d\n",stubj[i].name,stubj[i].num,stubj[i].score,stubj[i].banji);
        printf("----------------------------\n");
        printf("请选择是否继续查询？\n");
        printf("1.是  0.否\n");
        scanf("%d",&pd); getchar();
    }while(pd==1);
}
输入班级后查出来是

if(sbanji==stu[i].banji)
             {
                 strcpy(stubj[k].name,stu[k].name);    //后面这个是不是用的stu[i].name哦,后面也一样,i才表示当前读到的数据的下标
                 strcpy(stubj[k].num,stu[k].num);
                 stubj[k].score==stu[k].score;
                 k++;
             }

用i本来就没错，你改它做什么。

不用定义两个结构体，一个就好了
struct student
    {
        char name[20];
        char num[12];
        float score;
        int banji;
    }stu[1000]，stubj[1000],s;        //这里的s用作中间量。
线性表的交换可以这样用：s=stu[i];stu[i]=stu[i+1];stu[i+1]=s;
do{…………}while(!feof(fp))这里这样用有个不好的地方就是最后一个结构体会被读取两次。

请你好好看一下它的程序再看一下我的回答吧

不好意思，还以为是你将i改成k了。