#include<stdio.h>
#include<math.h>
int main()
{
    int a,b,c;
    double x1,x2,x,y,z1,z2,u;
    scanf("%d %d %d",&a,&b,&c);
    x=(double)(-c/a);
    u=(double)(-c/b);
    y=b*b-4*a*c;
    x1=(-b+sqrt(y))/2*a;
    x2=(-b-sqrt(y))/2*a;
    z1=b/(2*a)+sqrt(y)/(2*a);
    z2=b/(2*a)-sqrt(y)/(2*a);
    if(a==0&&b==0) printf("Input error!\n");
    else if(a==0&&b!=0) printf("x=%lf\n",u);
    else if(a!=0)
    {
          //if(b==0) printf("x1=%lf\nx2=%lf\n",sqrt(x),-sqrt(x));
        else if(y==0) printf("x1=x2=%lf\n",x1);
        else if(y>0) printf("x1=%lf\n x2=%lf\n",x1,x2);
        else if(y<0)
             {if(b==0) printf("x1=%lfi\nx2=%lfi\n",0.5/a,-0.5/a);
              else printf("x1=%lf+%lfi\n",-0.5*b/a,0.5/a);printf("x2=%lf%lfi\n",-0.5*b/a,-0.5/a);}
    }
    return 0;

我觉得你的if中a==0或者b==0都会导致前面x、u、z1、z2先运行，所以会出问题（除数是0）；
还有x=(double)(-c/a)、还有u的赋值，都是int除int，然后才double，得的值会不会不是你想要的。

看的好混乱