嗯，已经解决了，是后者。

我最后改成这样了：
#include<stdio.h>
int main(){
    int m,n,t,i,j;
    int a[200][200];
    scanf("%d%d%d",&m,&n,&t);
    for(i=0;i<m;i++){
        for(j=0;j<n;j++){
            if(t==1){
            scanf("%d",&a[m-i-1][j]);
            }
            else{
                scanf("%d",&a[i][n-j-1]);
            }
        }
    }
    for(i=0;i<m;i++){
        for(j=0;j<n;j++){
            if(j==n-1){
                printf("%d",a[i][j]);
            }
            else{
            printf("%d ",a[i][j]);
            }
        }
        printf("\n");
    }
    return 0;
}