#include<stdio.h>
#include<string.h>
void main()
{
    void exchange(char *i1,char *i2,char *i3);
    char str1[1000],str2[1000],str3[1000],*p1,*p2,*p3;
    printf("please input three words:");
    scanf("%s,%s,%s",&str1[1000],&str2[1000],&str3[1000]);
    *p1=str1[1000];
    *p2=str2[1000];
    *p3=str3[1000];
    printf("%s,%s,%s\n",str1[1000],str2[1000],str3[1000]);
}
void swap(char q1[1000],char q2[1000])
{
   char k[1000];
    k[1000]=q1[1000];
   q1[1000]=q2[1000];
    q2[1000]=k[1000];
}
void exchange (char a1[1000],char a2[1000],char a3[1000])
{

void swap(char q1[1000],char q2[1000]);
if(strcmp( a1[1000],a2[1000])<0)swap(a1[1000],a2[1000]);
if(strcmp( a1[1000],a3[1000])<0)swap(a1[1000],a3[1000]);
if(strcmp( a2[1000],a2[1000])<0)swap(a2[1000],a3[1000]);
}

一句话  不知所云

这个是你想要的吧

#include<stdio.h>
#include<string.h>  
void exchange(char a1[1000],char a2[1000],char a3[1000]);

void main()
{
    char str1[1000],str2[1000],str3[1000],*p1,*p2,*p3;
    printf("please input word 1:");
    scanf("%s",str1);  
    printf("please input word 2:");
    scanf("%s", str2);
    printf("please input word 3:");
    scanf("%s", str3);

    exchange(str1,str2, str3 );

    p1=str1;
    p2=str2;
    p3=str3;
    printf("%s,%s,%s\n",p1,p2,p3);
}
void swap(char q1[1000],char q2[1000])
{
    char k[1000];
    memcpy(k, q1, 1000 * sizeof(char));
    memcpy(q1, q2, 1000 * sizeof(char));
    memcpy(q2, k, 1000 * sizeof(char));
}
void exchange (char a1[1000],char a2[1000],char a3[1000])
{

    void swap(char q1[1000],char q2[1000]);
    if(strcmp( a1,a2)<0)swap(a1,a2);
    if(strcmp( a1,a3)<0)swap(a1,a3);
    if(strcmp( a2,a2)<0)swap(a2,a3);
}

楼主的程序有点离谱了。。。
char str2[1000]是定义一个char 类型的数组
用它时可不能这么来，str2[1000]中没有任何东西，最后一个有效字符(终止符)也是储存在str2[999]里，
建议楼主多了解了解数组和指针