score[i][j]

scores 应该定义为数组  而不是 int scores！

input 子函数中的数组参数应该与他本身函数体语句中的数组同名吧。
void input(int score[][3]) 中的score 改成  scores
int i, j , scores; 中的scores 是多余的，最好去掉。
这是我的建议，不知道对不对。