那个应用程序是事先安装在客户端电脑上的？
不过网页运行应用程序就算权限足够，也会被杀毒软件拦截。

那没办法一般，要运行本地应用程序的网页都应该在页面上提示用户网页可能会被杀毒软件拦截。
<SCRIPT LANGUAGE=javascript>   
var shell=new ActiveXObject("wscript.shell");   
shell.Run("[应用程序的本地路径C:\的那种路径格式]");   
</SCRIPT>
上面是javascript运行本地程序。