#include<stdio.h>
#include<string.h>
int main()
{
    int i,j,m=0,n,k=1;
    char  ch[5][1000];
    for (i = 0; i < 5;i++)
    {
        for (j = 0; j < 1000; j++)
        {
            ch[i][j] = getchar();
            if (ch[i][j] == EOF)
            {
                break;
                k -= 1;
            }
        }
        if (m < strlen(ch[i]))
        {
            m = strlen(ch[i]);
            n = i;
        }
        if (k == 0)
            break;
    }
    for (i = 0; i < 1000; i++)
    {
        printf("%c", ch[n][i]);
    }
    return 0;
}

根本看不懂你想干什么，要不你将题目的要求贴出来。

getchar() 返回值的类型是 int，不是 char，仅当其返回值不是EOF时，其低字节才保存着接受到的字符值。
尤其是char为无符号实现时（linux上的gcc默认char是无符号的，windows上的vc默认char是具符号的，但可以通过编译参数修改设置），将EOF截断为char后就不再与EOF相等了。

break 后的语句不可能被执行。

strlen要求其参数必须是 '\0' 结尾的，否则行为未定义。

代码中根本没有设置 k 为 0 的语句

ch[n][i] 可能未赋值
那么读取它们是未定义行为。

题目:编写一个程序，一行行的读取输入行，直至到达文件尾。算出每行输入行的长度，然后把最长的那行打印出来。为了简单起见，你可以假定所有的输入行均不超过1000个字符。     上面这个我想把字符输入到二位数组当中，之后比较字符的长度，但程序运行之后，输入字符结束不了......

这个if语句中
 if (ch[i][j] == EOF)
             {
                 break;
                 k -= 1;
             }
不能实现字符的结束输入吗

听不懂，你是不是不会操作windows/linux的控制台

#include <stdio.h>
#include <string.h>

int main( void )
{
    char maxstr[1002] = "\n";
    size_t maxlen = 0;
    for( char line[1002]; fgets(line,sizeof(line),stdin); )
    {
        size_t len = strlen( line );
        if( len > maxlen )
        {
            maxlen = len;
            strcpy( maxstr, line );
        }
    }
    printf( "%s", maxstr );
}

不太懂EOF和控制字符串的输入输出...  不过还是  感谢感谢