#include <stdio.h>
#define fact(x,y) {int temp;if(x>y){temp=x;x=y;y=temp;}}

int main ()
{
    int a[10],i,j;
    for(i=0;i<9;i++)
        {scanf ("%d",&a[i]);}
    for(i=0;i<9;i++)
        {   
            for (j=0;j<9;j++)
                {
                    fact(a[i],a[i+1]);
                }
        }
    for(i=0;i<9;i++)
    {
        printf ("%d\t",a[i]);
    }
    while(1);
    return 0;
}

你有死循环，不会跳出才对啊，和你编译器有关，把while(1);换成getchar();看看，还有，你的宏定义这样定义不够严谨。

#include <stdio.h>
#define fact(x,y) {int temp;if(x>y){temp=x;x=y;y=temp;}}

int main ()
{
    int a[10],i,j;
    for(i=0;i<=9;i++)//10位数组下标1-9，下同
        {scanf ("%d",&a[i]);}
    for(i=0;i<=9;i++)
        {   
            for (j=i+1;j<=9;j++)//推测你是想排序，但是你写的这几句不能实现排序功能，排序算法很多，你可以查查，我这只是一个最基本的比较排序
                {
                    fact(a[i],a[j]);
                }
        }
    for(i=0;i<=9;i++)
    {
        printf ("%d\t",a[i]);
    }
    //同楼上，去掉while的死循环，这句话不能实现等待来向你显示结果的功能。
    return 0;
}

while死循环本来是为了停下控制台的，书生等待正解，灰常感谢