#include<stdio.h>
int main()
{
    int red[] = {3,5,12,15,20,27};
    int blue = 4;
    int i,j,a[10],B,count = 0,flag = 0;

    printf("请输入一注号码\n红色球为:\n");
    for(i =0; i < 6 ;i++)
        scanf("%d",&a[i]);
    printf("蓝色球号码为:\n");
    scanf("%d",B);

    for(i =0;i < 6;i++)
        for(j = 0; j < 6;j++)
            if( red[i] == a[j]){
                count++;
            }

        if(B == 4)
            flag = 1;



        if(count == 6 && flag == 1)
            printf("中了一等奖!\n");
        else if(count == 6 && flag ==0)
            printf("中了二等奖!\n");
        else if(count == 5 && flag == 1)
            printf("中了三等奖!\n");
        else if((count == 5 && flag == 0)  || (count == 4 && flag == 1))
            printf("中了四等奖!\n");
        else if((count == 4 && flag == 0)  || (count == 3 && flag == 1))
            printf("中了五等奖!\n");
        else if((count == 2 && flag == 1) || (count == 1 && flag == 1)  || (count == 0 && flag == 1))
            printf("中了六等奖!\n");
        else
            printf("对不起没有中奖!\n");
        return 0;
            
}

以下是测试通过的代码。
lz的源程序有一个错误，输入篮球的哪个scanf()函数。
另外提几个意见：变量不要用大写，哪个B，不是很好。
还有，楼主的哪个int声明未免太长了。
如果声明的时候直接赋值，还是另外进行声明的好。
既然定义了blue = 4，那就在代码上用到，在你的那个if语句中。
其实，这都是简单的问题，lz只要仔细一点就没问题了。
程序是调试出来的。

另外，程序中的两个常量（红球数组和篮球），最好用#define预处理指令。
#include<stdio.h>
int main(void)
{
    int red[] = {3,5,12,15,20,27};
    int blue = 4;
    int i, j, b;
    int a[10];
    int count = 0, flag = 0;

    printf("请输入一注号码\n红色球为:\n");
    for(i =0; i < 6 ;i++)
        scanf("%d",&a[i]);
    printf("蓝色球号码为:\n");
    scanf("%d",&b);

    for(i =0;i < 6;i++)   
        for(j = 0; j < 6;j++)    
            if( red[i] == a[j])
                count++;
  
    if(b == blue)
      flag = 1;
  
    if(count == 6 && flag == 1)
      printf("中了一等奖!\n");
    else if(count == 6 && flag == 0)
      printf("中了二等奖!\n");
    else if(count == 5 && flag == 1)
      printf("中了三等奖!\n");
    else if((count == 5 && flag == 0) || (count == 4 && flag == 1))
      printf("中了四等奖!\n");
    else if((count == 4 && flag == 0) || (count == 3 && flag == 1))
      printf("中了五等奖!\n");
    else if((count == 2 && flag == 1) || (count == 1 && flag == 1) ||
        (count == 0 && flag == 1))
      printf("中了六等奖!\n");
    else
      printf("对不起没有中奖!\n");

    return 0;
}

楼上已经说得很详细了，要做的全一点的话，LZ应该设置以下输入红球，篮球的数值要求，要有个范围与实际接轨啊。

你为什么不用fand 和sfand来随机数呢？