#include <stdio.h>
void main()
{
    struct student
    {
    int xh;
    int cj;
    int bk;
    }xs[100];
    int i,j;
    printf("下面开始输入学生成绩，最多输入100个\n");
    for(i=0;i<100;i++)
    {
    printf("请输入学生的学号,或者输入ctrl+Z结束");
    if(scanf("%d",&xs[i].xh)==EOF)
    break;
    printf("请输入学生的成绩");
    if(scanf("%d",&xs[i].cj)<60)
    xs[i].bk=1;
    else
    xs[i].bk=0;
    }
    printf("成绩输入完毕");
   for(j=0;j<=i;j++)
    {
    if(xs[j].bk==1)
    printf("%d号学生不及格，请输入他的补考成绩",xs[j].xh);
    scanf("%d",&xs[j].cj);
    }
    printf("补考成绩记录完毕");
    return;
}

程序的编译和运行都正常，至于你说的那个功能，你可以稍微修改下，
1、输入补考成绩替换原来成绩，你可以用补考称绩赋值给原来的成绩，这样就可以替换了，
2、输出补考标记，你的函数中根本就没有输出标记的语句，所以用printf函数输出改生补考过即可。