#include<stdio.h>
#include<string.h>
int main()
{
    char  words[100];
    int i,flag;
    int num=0;
    gets(words);
    if(strlen(words)>=100)
        return -1;
    for(i=0;words[i]!='\0';i++)
    {    if(words[i]==' ') flag=0;
        else if(flag==0)
        {
            flag=1;
            num++;
        }
    }
    printf("there are %d words in %s\n",num,words);
    return 0;
}

不太明白楼主的意思，不过楼主的程序我运行了一下，有点问题，
就这一句：else if(flag==0)要是不走if的话，你的flag就没有被
赋值，程序运行就会出问题，所以初始化的时候要加上 flag=0;

好了 给你去掉了
程序：

#include<stdio.h>
#include<string.h>
int main()
{
    char  words[100];
    int i,flag;
    int num=0;
    flag=0;
    gets(words);
    if(strlen(words)>=100)
        return -1;
    for(i=0;words[i]!='\0';i++)
    {    if(words[i]==' ') flag=0;
        else if(flag==0)
        {
            flag=1;
            num++;
        }
    }
    printf("there are %d words in %s\n",num,words);
    return 0;
} 

结果：

能讲讲你和楼主的程序有什么不同吗？

程序是楼主的啊，就是flag初始化为零，不然就像楼主所说的问题一样，楼主的意思是这样的，就是每次输入单词的时候要先敲一下空格不然单词的统计就会出现错误漏掉一个单词，初始化一下就不要空格了，为零默认在一个单词内。

看懂了 flag初始化为0