我问了好多人都不会这个。。。
我需要在两个文件中找到相同的序列：
文件一如下：
...
>c.jejuni_81-176.pep.fa cjj:CJJ81176_0222 def; peptide deformylase (EC:3.5.1.88); K01462  [EC:3.5.1.88]
MVRKIITYPNPRLFLNSEIVNKFDTELHTLLDDMYETMIASNGVGLAAIQVDIPLRVLLV
NIFNENDEQKKEDLLEIINPEIIPLDEEMITCTEGCLSVPDFFEEVKRYNHILLKYQDRF
GEFKELEAKGFLAVAIQHENDHLNGHLFIEKISFAKRQKFDKEFKKKKKNHKKEK
>c.glutamicum_r.pep.fa cgt:cgR_1649  def; peptide deformylase (EC:3.5.1.88); K01462  [EC:3.5.1.88]
MAVREVRLFGDPVLVSRADEVVDFDESLSTLIDDMFDTMEDAGGVGLAANQVGVLRRVFV
FDTSHQEGGLRGHVINPVWEPLTEDTQTGKEGCLSIPDVSAETTRYETVRLSGQDRDGNP
VGFVANGLLARCIQHETDHLDGVLFLKRLDPAERKAAMGVIRASAWFNK
...
文件二如下：
...
cjj:CJJ81176_0222 peptide deformylase (EC:3.5.1.88)     K01462     175     1139 (    -)     265    0.994    175     <-> 1
cju:C8J_0180 peptide deformylase (EC:3.5.1.88)          K01462     175     1139 (    -)     265    0.994    175     <-> 1
cjr:CJE0184 peptide deformylase (EC:3.5.1.88)           K01462     175     1139 (    -)     265    0.994    175     <-> 1
...
文件内容太多，需要查找显示两个文件中有色部分文字相同的，例如，文件一中蓝色的部分和文件二中的蓝色的部分一样，就输出到屏幕上，请问大虾怎么能办到？
后附两个文件



[ 本帖最后由 oneo 于 2010-4-27 12:35 编辑 ]

是太难了吗? 怎么都没人回复啊?

。。。看来是没人会了，救命啊

这个应该不难吧~~~~有规律的~~~

可以先学习一下KMP字符串比较算法。

额。。高手能留个代码不？

这种事情天生就是awk的工作哇……

awk "ARGIND==1&&NR>=18{a[$1]=$0}ARGIND==3&&($2 in a){print a[$2];print $0}" 1.txt RS=">" 2.txt

awk在这里下载：http://gnuwin32.

大虾，我看不懂这个，要是您有时间您给个程序代码吧