我想是这的问题
    for(i=0;i<=sqrt(a);i++)
    {
         if(a%i==0)
         {
              flag=0;
              break;
         }
    }

应该加个大括号。
另外这儿可以这样精简代码：
    /*if(flag==0)
    return flag;
    if(flag==1)*/
    return flag;

#include<math.h>
int sushu(int a)
{
    int i;
    if(a==2) return 1;
    for(i=2;i<=sqrt(a);i++)
    {
        if(a%i==0)
          return 0;
    }
          return 1;
}

main()
{
    int a,t;
    printf("Input a number:");
    scanf("%d",&a);
    t=sushu(a);
    if(t==1)
      printf("This is a prime number!\n");
    if(t==0)
      printf("This is not a prime number!");
}