#include <stdio.h>
int main()
{
    int m,n,i,j,p,q;
    int a[1000][1000],t;
    int x1,y1,x2,y2,k;
    scanf("%d%d",&n,&m);
    for(i=0;i<n;i++)
    {    for(j=0;j<m;j++)
    scanf("%d",&a[i][j]);}
    scanf("%",&t);
    for(i=0;i<t;i++)
    {
        scanf("%d%d%d%d%d",&x1,&y1,&x2,&y2,&k);
        for(p=0;p<k;p++)
            for(q=0;q<k;q++)
                a[x1+p][y1+q]=a[x2+p][y2+q];
    }
    for(i=0;i<n;i++)
        for(j=0;j<m;j++)
        {
            printf("%d",&a[i][j]);
            if(j==m) printf("\n");
        }
    return 0;
}

a[1000][1000]应该是这个数组太大了。

除二楼所说外,
 for(i=0;i<n;i++)
         for(j=0;j<m;j++)
         {
             printf("%d",&a[i][j]);
             if(j==m) printf("\n");  //j==m-1
         }

竟然没报错，不是少了个  ｝吗？

for(i=0;i<n;i++)
     {    for(j=0;j<m;j++)
     scanf("%d",&a[i][j]);}

for(i=0;i<n;i++)
    {    for(j=0;j<m;j++)
    scanf("%d",&a[i][j]);}
    scanf("%",&t);//这行没看懂
还有就是你定义的数组太大