九三学社的前身为抗日战争后期一批进步学者发扬五四运动的反帝爱国精神，以民主、科学为宗旨，在重庆组织的“民主科学座谈会”。后为纪念1945年9月3日抗日战争和世界反法西斯战争的伟大胜利，改建为“九三学社”，并于1946年5月4日正式成立。
在新的历史时期。九三学社把工作重点转移到为社会主义现代化建设服务上来，不断开拓新局面。九三学社贯彻“以经济建设为中心，坚持四项基本原则，坚持改革开放”的基本路线，坚持中国共产党领导的多党合作和政治协商制度，参加国家政权，参与国家大政方针和国家领导人选的协商，参与国家事务的管理，参与国家方针、政策、法律、法规的制定执行。九三学社充分发挥人才和智力优势，就实施科教兴国、可持续发展战略，依法治国方略和科技、教育、经济、文化等重大课题进行调研，向中共中央领导同志提出了《关于建立长江上游生态保护和资源开发区的建议》、《大西南连片贫困岩溶地区脱贫与振兴经济建设的建议》和关于建设好延安革命纪念地、建立“农业建设专项基金”等建议，向中共中央和政府先后提出了促进科技成果转化为现实生产力、生态保护和资源的合理开发利用、实行产业化经营、大力推进中西部农村经济的发展、环境保护、实施人才战略、西部大开发、自主技术创新、三农问题等方面的多项重要建议，受到中共和国家有关方面的重视；面向社会，积极开展科教服务、支边扶贫活动，以“九广”（九三学社四川省委与四川广元市）、“九临”（九三学社山西省委与山西临汾市）、“九通”（九三学社内蒙古区委与内蒙古通辽市）三个科教合作区为重点，为老、少、边、贫地区的经济建设和社会发展提供了有力支持；多渠道、多层次开展海外联络工作，为促进祖国和平统一服务；努力参加社会主义精神文明建设的实践，为提高全民族的思想道德素质和科学文化素质贡献力量。在建设有中国特色社会主义伟大事业中，九三学社作为参政党，在国家政治经济和社会生活等领域发挥着越来越重要的作用。九三学社努力学习、实践“三个代表”重要思想，团结带领广大成员在中国共产党领导下，以奋发有为，开拓创新，与时俱进的精神，把九三学社建设成为适应新世纪要求的参政党，为实现我国在新世纪的宏伟目标不懈奋斗。

随着工作的进展，九三学社组织也有了很大发展。目前除台湾、西藏外，九三学社在全国30个省、自治区、直辖市和268个市（县）建立了委员会或筹委会。现有社员10万余人，其中具有高级职称者占60%。在九三学社的社员中，有104位全国政协委员，70位全国人大代表，有19人任省级政协副主席，4人任省级人大常委会副主任，4人在政府任副省长或直辖市副市长。九三学社先后拥有150位中国科学院院士（学部委员）与中国工程院院士，许多人为中国科技事业做出了卓越的贡献。九三学社社员王淦昌、邓稼先、赵九章、陈芳允、程开甲获“两弹一星功勋奖章”，王选、黄昆荣获2001年度国家最高科学技术奖。

九三学社中央历任主席为许德珩、周培源、吴阶平，现任主席韩启德。

九三学社中央主办的刊物有面向国内外公开发行的《民主与科学》和在社内发行的《九三中央社讯》，设有学苑出版社、学苑音像出版社。