int main()
{
    int num[3] ={1,2,3};  //定义并初始化数组
    int *prt_num = num;   //定义指针
    int i,temp;          //循环变量 和临时变量
    printf("请输入三个数");
    for(i = 0; i< 3; i++)
    {
        scanf("%d",(prt_num+i));
    }
    for(i = 0; i<3 ;i++)     //打印输入的数
    {
        printf("%d\t",num[i]);
    }
    printf("\n");
    if(*(prt_num) > *(prt_num+1))  //第一个数和第二个数比较交换
    {
        temp = *prt_num;
        *prt_num = *(prt_num+1);
        *(prt_num+1) = temp;
    }else
    if(*(prt_num) > *(prt_num+2))  //第一个和第三个比较交换
    {
        temp = *(prt_num);
        *(prt_num) = *(prt_num+2);
        *(prt_num+2) = temp;
    }else
    if(*(prt_num+1) > *(prt_num+2))  //第二个和第三个比较交换
    {
        temp = *(prt_num+1);
        *(prt_num+1) = *(prt_num+2);
        *(prt_num+2) = temp;

    }

    for(i =0; i<3 ;i++)             //打印交换好的数
    {
        printf("%d\t",num[i]);
    }
}

逻辑不正确  把所有的else去掉 试一下

多了else,只执行了前面的后面的没执行，把判断变成了选择

你这个程序是逻辑上的问题，而且你既然是比较大小那么应该输出最大最小值。你这样写可以认为是在进行排序。
我把if那一大段改成for循环，结果是升序排列，最大的数在最后。
 for(i = 1;i<3;i++)
        for(j = 0;j<3-i;j++)
            if(*(prt_num+j)>*(prt_num+j+1))
        {
            temp=*(prt_num+j);
            *(prt_num+j)=*(prt_num+j+1);
            *(prt_num+j+1)=temp;

        }